Ugyan természetvédelmi oltalom alatt állnak a kárókatonák, de mostanra annyira elszaporodtak, hogy az már komoly gondot jelent a természetnek is.
Idén a Balatonon két helyszínen – Tihanyban és Alsóörsön – gyérítik az állományt, de a partról kézzel fogható eredményt elérni nem lehet. A Balaton vízterületén ugyanis nem lőhető a kormorán, mivel a hatóság szerint a gyérítés zavarná a védett, vonuló madarakat is. Ugyanakkor a kárókatonák jelenléte is zavarja a szárnyasokat, ahogyan a halállományt is.
Ahol megtelepszik egy kormorán kolónia, ott az ürüléke tönkreteszi a fákat, illetve a kócsag és szürkegém fészkelőhelyeit is.
Természetes védelmi megoldást a Balaton befagyása hozhatna, amire a jelenlegi meteorológiai előrejelzések alapján még várni kell egy darabig.